Il Biodiesel è impiegato nel riscaldamento oramai da olre 15 anni d'anni con ottimi risultati, grazie alla facilità d'applicazione, non essendo necessaria la sostituzione del bruciatore e nemmeno d'interventi complessi; sul mercato sono reperibili dei Kit di trasformazione messi a punto dalle maggiori case produttrici di bruciatori, che rendono l'adozione del Biodiesel molto semplice.

Nel riscaldamento il Biodiesel è utilizzato puro, sfruttando così a pieno le caratteristiche ambientali, con minimi accorgimenti e costi di adattamento degli impianti.

Il potere calorifico del Biodiesel è minore di quello del gasolio, questo è dovuto al fatto che la sua molecola contiene una percentuale di ossigeno elevata (circa l'11%), che consente però di ottenere una combustione completa, utilizzando una quantità di aria inferiore a quella necessaria alla combustione di un uguale quantitativo di gasolio. La corretta regolazione della temperatura dei fumi e della quantità di aria necessaria alla combustione, consentono quindi di migliorare le rese al punto da non notare apprezzabili variazioni di consumo passando da gasolio a Biodiesel.

Per quanto concerne le operazioni d'uso pratico, le caratteristiche chimico fisiche lo rendono un prodotto più sicuro rispetto al gasolio tradizionale (punto d'infiammabilità superiore ed una maggiore biodegradabilità), ma debbono essere comunque mantenute tutte le precauzioni di sicurezza e buona gestione ambientale normalmente adottate.

Il Biodiesel deve essere stoccato in cisterne che non contengano fondami di gasolio e la segregazione del prodotto è necessaria anche in seguito per evitare reciproche contaminazioni ed interferenze che potrebbero falsarne il comportamento. Le cisterne devono essere mantenute ben chiuse, così da evitare ogni possibile infiltrazione d'acqua.

Si può passare all'utilizzo del Biodiesel con l'impianto in esercizio, in quanto con un minimo coordinamento si può svuotare il gasolio residuo, prossimo all'esaurimento, pulire se necessario la cisterna e quindi alimentare a Biodiesel. Nel caso la cisterna non sia da pulire, si può far scendere il livello del gasolio al minimo e aggiungere direttamente il Biodiesel. Un quantitativo eccessivo di gasolio residuo potrebbe rendere indispensabile una regolazione dell'aria comburente al successivo rifornimento di Biodiesel, questo perché la concentrazione del gasolio sarà praticamente azzerata e quindi l'aria comburente necessaria diversa rispetto alla carica precedente.